《船長(zhǎng)哈洛克》講述了主人公哈洛克告別陳腐的地球，乘上宇宙戰(zhàn)艦“阿爾卡迪亞號(hào)”進(jìn)行戰(zhàn)斗的故事。影片營(yíng)造了一個(gè)黑暗世界，影射出現(xiàn)代社會(huì)存在的諸多問(wèn)題，在保證展現(xiàn)原作魅力的同時(shí)，最大限度對(duì)哈洛克角色本身陰暗面的進(jìn)行描繪。

遙遠(yuǎn)的未來(lái)，人類科技昌明，已經(jīng)進(jìn)入可以隨心所欲穿梭銀河各個(gè)角落的時(shí)代。與此同時(shí)，身處銀河邊緣的人們?yōu)榱巳〉没氐降厍虻木幼?quán)而挑起戰(zhàn)爭(zhēng)。為此，四艘Death Shadow級(jí)別的宇宙戰(zhàn)列艦被打造出來(lái)，投入戰(zhàn)場(chǎng)。四號(hào)戰(zhàn)列艦的艦長(zhǎng)名叫哈洛克（小栗旬 配音），他一戰(zhàn)成名，成為名垂青史的英雄。然而隨著戰(zhàn)爭(zhēng)落下帷幕，哈洛克的身影也從人們的視線中消失。未過(guò)多久，船首刻著巨大骷髏頭飾的海盜船“阿爾卡迪亞號(hào)”突然現(xiàn)身，而海盜船長(zhǎng)竟然就是曾經(jīng)的英雄哈洛克！此番他以宇宙海盜的身份高舉叛旗，對(duì)抗聯(lián)邦政府，成為在全宇宙范圍內(nèi)遭到通緝的頭號(hào)罪犯。

青年“亞馬”（三浦春馬 配音）從政府那里接受了暗殺哈洛克的密令，隨即偽裝成船員潛入阿爾卡迪亞號(hào)。他沉著縝密，一步步接近這個(gè)宇宙重犯，然而卻在這一過(guò)程中相繼發(fā)現(xiàn)哈洛克的真實(shí)目的、海盜船的本來(lái)面目以及地球上被掩蓋的真相。

世界滅亡在即，為了那萬(wàn)分之一的渺茫希望，哈洛克和戰(zhàn)友們團(tuán)結(jié)一致，全力沖刺。一度被聯(lián)邦政府掩蓋在黑暗之下的真相，閉鎖的大門隱約打開，透射出未來(lái)的光芒……